II vaikų ligų skyriuje gydomi vaikai, sergantys širdies ir kraujagyslių, reumatinėmis, virškinimo organų, kraujo, onkologinėmis, mergaičių ginekologinėmis ligomis bei apsinuodiję vaikai. Skyriuje yra 3 sektoriai, jungiantys klinikinį, mokslinį ir pedagoginį darbą.

Vaikų konsultacinė poliklinika yra vaikų klinikos padalinys. Ji įsikūrusi pirmame vaikų ligų korpuso aukšte. Prie vaikų konsultacinės poliklinikos įsteigtas vaikų priėmimo poskyris, o nuo 2000 m. ir vaikų traumų punktas, užtikrinantys būtinąją pagalbą vaikams visą parą.
Vaikų konsultacinėje poliklinikoje konsultuojami vaikai iki 18metų ne tik iš Kauno, bet ir iš kitų apskričių bei užsieniečiai. Pacientai registruojami konsultacijoms iš anksto (tel. 8 37 326465). Remiantis sveikatos apsaugos ministro įsakymu vaikus konsultacijoms siunčia šeimos gydytojos/ai bei gydytojos/ai specialistės/ai. Atvykus be siuntimo vaikai registruojami konsultacijoms bendra tvarka, apsimokant už konsultacijas pagal SAM ministro nustatytą tvarką. Būtinosios pagalbos atveju (esant grėsmei gyvybei ar rimtų komplikacijų grėsmei) suteikiamos skubios nemokamos konsultacijos ir pagalba. Registruojantis reikia turėti vaiko asmens dokumentus bei užsienio piliečiams draudimą.
Poliklinikoje dirba įvairių sričių vaikų gydytojos/ai: vaikų ligų, alergologės, pulmonologės/ai, kardiologės, gastroenterologės, hematologės ir onkohematologės, nefrologės/ai, mergaičių ginekologės, chirurgai, urologai, ortopedai – traumatologai, proktologas, ausų nosies gerklės gydytoja. Esant reikalui pacientai siunčiami konsultuoti ir į kitas Kauno klinikos poliklinikas, specialistams: vaikų akių gydytojams, vaikų neurologėms, vaikų psichiatrams, psichologėms, vaikų endokrinologėms, neonatologėms, radiologams, klinikinėms imunologėms ir kt.
Poliklinikoje pacientus konsultuoja: prof. D.Bakšienė – vaikų kardiologė, doc. J.Kudzytė ir m.dr. L.Vaidelienė – vaikų alergologės, doc J.Bojarskas – vaikų pulmonologai, doc. V.Barauskas – vaikų chirurgas, m.dr. R.Kučinskienė – vaikų gastroenterologė, m.dr. B.Pundzienė – vaikų nefrologė.
Vaikų konsultacinėje poliklinikoje atliekamos įvairios šiuolaikinės diagnostinės procedūros: pilvo organų, ginekologinės, urologinės, širdies echoskopijos, kvėpavimo funkcijos ištyrimas, alerginiai mėginiai, rentgenologiniai tyrimai ir kt.. Kauno klinikos laboratorijų bazėje atliekami įvairūs mikrobiologiniai ir serologiniai, hematologiniai, bendraklinikiniai, citologiniai, biocheminiai ir kiti tyrimai, taip pat kompiuterinė tomografija, magnetinio rezonanso tyrimai bei kt. Poliklinikoje atliekamos ir įvairios gydomosios procedūros (ausų nosies greklės, chirurginės, ortopedinės, ginekologinės ir kt.)
Vaikų konsultacinė poliklinika, vaikų priėmimo poskyris yra šiuolaikinė mokymo bazė studentams ir rezidentams.